토양환경연구실 (Soil Environment Laboratory, SEL)에서는 환경공학, 지질학, 자원공학, 생물학, 분석화학, 독성학 등 다양한 분야의 전문지식을 이용하여, 오염된 토양 및 지하수의 물리화학적 특성평가 및 정화 기술을 연구한다. 현재 토양환경연구실에서 진행중인 연구로는 1) 오염된 토양 및 지하수 내 오염물질의 분포양상, 존재형태 및 오염원 파악 등의 조사를 위한 환경지구화학적인 연구, 2) 폐수 및 오염토양 정화를 위한 흡착 (Adsorption), 이온교환 (Ion exchange), 안정화 (Stabilization) 기술 연구를 수행 중이다. 또한, 식수 및 지하수 내 비소(Arsenic) 오염으로 고통을 겪고 있는 제3세계 국가의 주민들을 위해 옹달샘이라는 간이 정수처리장치 설계 및 기증사업도 진행 중에 있다.